Istotę jego koncepcji religii stanowi teoria sacrum w opozycji do profanum – dwóch sposobów realizowania przez człowieka własnej egzystencji. Odrzucając metodologię badań negującą istnienie sacrum pozostawił jakby u progu religioznawstwa nauki humanistyczne i społeczne, zaznaczając, że sedno badań tkwi w sednie religii – to jest w sacrum. Był twórcą koncepcji morfologii sacrum. Inspirował się teorią archetypów C.G. Junga (dlatego często obok Josepha Campbella wymienia się go jako przedstawiciela tzw. analizy jungowskiej), ale terminu archetyp Eliade używał w innym sensie niż Jung – na określenie „modelowego wzorca” objawionego w micie i aktualizowanego w rytuale. Eliade był promotorem podejścia fenomenologicznego, pragnącego odkryć istotę religii, niezależnie od uwarunkowania historycznego bądź kulturowego. Eliade uważał, że religioznawstwo powinno stosować dwie wzajemnie dopełniające się metody: fenomenologiczny opis struktur religijnych (czyli morfologię świętości) oraz metodę historyczno-porównawczą (czyli dialektykę sacrum i profanum). Propagował antyredukcjonistyczne, antyewolucjonistyczne i holistyczne podejście do religii.