W nocy 3/4 września batalion ON „Wągrowiec” odszedł z oddziałami 26 DP na główną pozycję obronną, w trakcie marszu osłaniał odwrót oddziałów 26 DP z kierunku zachodniego na pozycji pośredniej. 4 września rozwinął się w obronie na pozycji pośredniej obrony na odcinku Wągrowiec-Kobylec, wspólnie z pododdziałami Straży Granicznej ppłk. Świderskiego. Osłaniał odejście oddziałów dywizji na linię jezior Żnińskich, prowadził utarczki z patrolami niemieckimi. Nocą 4/5 września batalion wycofał się za pozycje obronne dywizji do rejonu Łabiszyna, gdzie przeszedł do odwodu dywizji. Dalsze działania batalionu odbywały się w składzie zgrupowania 37 pp. 6 września wraz ze zgrupowaniem 37 pp oraz batalionem ON „Wągrowiec” osłaniał 26 DP na linii jezior Wolickiego i Chomęckiego. 7 września batalion przeszedł do Szymborca, gdzie stanął na postoju, wysłał na rozpoznanie Inowrocławia pluton zwiadowców. Nocą 7/8 września batalion przeszedł w całości przez Tupadły do Kruszwicy.