Hipoteza Czerwonej Królowej – koncepcja w biologii ewolucyjnej wyjaśniająca między innymi proces „ewolucyjnego wyścigu zbrojeń”, powstała w 1973 roku.
Hipoteza zakłada, że nawet w zupełnie stabilnym środowisku działa dobór naturalny w kierunku przystosowywania się do obecności innych organizmów, które w podobny sposób także przystosowują się drogą doboru naturalnego do zmian u innych organizmówA.Łomnicki, Ekologia ewolucyjna,PWN,2013,(epub). Rozdział.7.2..
Twórca hipotezy Czerwonej Królowej, amerykański paleontolog Leigh Van Valen z uniwersytetu w Chicago, założył, że konkurencja wymusza stałe zmiany ewolucyjne o charakterze kierunkowym. Nazwa hipotezy jest zapożyczeniem z powieści Lewisa Carrolla Po drugiej stronie lustra (w powieści Czerwona Królowa szachów, biegnąc bez przerwy wraz ze zmieniającym się otoczeniem, mówiła do Alicji: Tutaj (...), aby utrzymać się w tym samym miejscu, trzeba biec ile sił.).
Koncepcja Czerwonej Królowej to koncepcja względności wszelkiego postępu. Zasada ta jest szczególnie dobrze obserwowana wśród drapieżników i ich ofiar bądź pasożytów i ich żywicieli, gdyż towarzyszy temu zjawisku ewolucyjnemu zarówno działanie antagonistyczne, jak i działanie polegające na współpracy.