Cyklony tropikalne Do archipelagu regularnie docierają huragany i cyklony tropikalne, przez które tutejsi mieszkańcy są zmuszani do ewakuacji na stały kontynent. Jednym z najgorszych huraganów w historii Florida Keys był huragan Georges, który w 1998 roku spowodował ogromne szkody i powodzie również na Karaibach oraz Missisipi. W 2005 roku archipelag nawiedziły huragany Katrina, Rita i Wilma, które również wyrządziły dużo szkód, mimo że nie przeszły bezpośrednio przez teren archipelagu. Najsilniejszym huraganem w historii archipelagu był huragan Labor Day (1935), który otrzymał piątą kategorię.
Cyklony tropikalne to szczególne zagrożenie dla Florida Keys. Wyspy należące do archipelagu osiągają wysokość nie większą niż sześć metrów, dlatego są one szczególnie narażone na powodzie. Z tego powodu tutejsze domy są budowane na betonowych palach, które podtrzymują konstrukcje. Według danych podanych w Federal Register, na terenie hrabstwa Monroe znajduje się ok. 8000 – 12000 pomieszczeń nielegalnie zamieszkanych przez ludzi„U.S. Government Printing Office”..
Akcje ewakuacyjne przed nadejściem huraganu lub burzy tropikalnej są zlecane przez National Weather Service. Podczas ewakuacji mieszkańcy są transportowani na stały ląd za pomocą U.S. Route 1. Akcje ewakuacje z terenu archipelagu trwają od 12 do 24 godzin. Szacowany czas ewakuacji jest jednym z istotnych czynników wpływających na jej formę.