Znana na całym świecie odmiana limonki zwana Key lime jest owocem pochodzącym z Malezji; Hiszpanie sprowadzili ten owoc do półwyspu Jukatan, a następnie na teren archipelagu. Ta odmiana limonki rośnie na kolczastych drzewach. Wewnątrz limonka ta ma żółty kolor i posiada kwaśny smak oraz przyjemny zapach. Od nazwy tej limonki pochodzi placekKey lime pie.

Florida Keys jest również domem dla wielu gatunków zwierząt, takich jak: Key deer (odmiana jelenia) chroniony na terenie National Key Deer Refuge, krokodyl amerykański i Key Largo Woodrat (odmiana gryzonia). Key Largo Woodrat żyje w północnej części wyspy Key Largo.

Około 110 km na zachód od Key West znajduje się Park narodowy Dry Tortugas, jeden z najbardziej odizolowanych i najlepiej zachowanych parków na świecie. Nazwa wywodzi się od wyglądu wysp znajdujących się na terenie parku, które swoim wyglądem przypominają żółwie (hiszp. Tortuga).

Wody otaczające archipelag są częścią obszaru chronionego Florida Keys National Marine Sanctuary.