Bellegarde nie otrzymał żadnych rozkazów i z tego powodu jego bardzo silny korpus pozostał na północnym brzegu Dunaju i nie odegrał żadnej roli w zbliżającej się bitwie.
Napoleon natomiast miał zamiar otoczyć i zniszczyć austriackie wojska leżące na południowy zachód od Landhsut i znajdującego się tam mostu przez rzekę Izarę. Dowodzący II i IV korpusem (razem około 57 000 żołnierzy) marszałek Masséna otrzymał rozkaz przeprawienia się przez Izarę na południe od Landshut i uniemożliwienia Austriakom przeprawy na południowy brzeg. W międzyczasie marszałek Lannes (51 000 żołnierzy) miał doścignąć i zniszczyć pokonanych Austriaków. Pomimo tego, że ponad połowa III korpusu została użyta do sformowania armii Lannesa, Davout otrzymał od Napoleona rozkaz do zaatakowania Austriaków z samego rana. Gdyby okazało się, że ma problemy, wspomóc go miał Lefebvre - wtedy łącznie siły francuskie w dwóch korpusach osiągnęłyby stan 36 000 żołnierzy.
Gdy o świcie 21 kwietnia osłaniający Napoleona Davout zaatakował Austriaków pod Eckmühl, okazało się, że ma on przed sobą całą armię austriacką, natomiast Napoleon, który tego samego dnia zajął Landshut, miał do czynienia jedynie z grupą wojsk austriackich de Hillera.