W 1891 zbudowano dworzec w Malborku. Wystawny budynek zbudowany w staroniemieckim stylu był wizytówką miasta. W 1900 linia Toruń – Malbork została linią pierwszorzędną.
W latach 1920–1939 stacja w Malborku była stacją graniczną. Choć wzdłuż rzeki Nogat przebiegała granica Rzeszy Niemieckiej i Wolnego Miasta Gdańska, to spotykały się tutaj koleje PKP i DRG (Deutsche Reichsbahn). Na ówczesnej stacji Marienburg (Westpreussen) odbywała się wymiana lokomotyw w pociągach tranzytowych Rzesza-Prusy Wschodnie, jak też i w otwartych dla połączeń przez terytorium Polski oraz z Wolnym Miastem Gdańsk.
1945-1989 Dworzec w Malborku uniknął większych zniszczeń podczas II wojny światowej. W czerwcu 1945 po przekazaniu obiektu polskiej administracji żołnierze Armii Czerwonej próbowali podpalić dworzec, jednak pożar został szybko wykryty i ugaszony. Wnętrze zostało zachowane, z wyjątkiem herbu pruskiego nad kasami, który został przemalowany na polski.
W 1975 w wyniku reformy administracyjnej powstało województwo elbląskie i mimo że Elbląg został stolicą województwa, to Malbork był głównym węzłem kolejowym województwa:.