W 1983 zelektryfikowano odcinek Malbork-Tczew, co pozwoliło na prowadzenie pociągów z Gdyni do Malborka trakcją elektryczną. W 1985 dokończono elektryfikację linii Warszawa – Gdańsk oraz doprowadzono elektryfikację do Elbląga.
W 1988 dworzec został wpisany w wojewódzki rejestr zabytków.
po 1989 1 marca 2009 w wyniku wspólnych działań samorządów województwa pomorskiego i kujawsko-pomorskiego. Ruch na trasie Malbork – Kwidzyn przejęła Arriva PCC. Zmiana ta spowodowała utworzenie połączeń bezpośrednich pomiędzy Malborkiem a Toruniem Głównym.
W 2010 rozpoczęto remont dworca, podczas którego odrestaurowano wnętrze (m.in. usunięto powojenne malowidła). Jedyną zachowaną zmianą powojenną jest herb Polski nad kasami biletowymi. W latach 2012–14 stacja została gruntownie zmodernizowana: zmodernizowano urządzenia SRK, przebudowano układ torowy, wybudowano nowe perony.
Linie kolejowe Malbork jest węzłem kolejowym, w którym krzyżują się: linia kolejowa nr 9 Warszawa Wschodnia – Gdańsk Główny, linia kolejowa nr 204 Malbork – Mamonowo (Rosja), linia kolejowa nr 207 Toruń Wschodni – Malbork oraz rozebrana linia kolejowa nr 222 Małdyty – Malbork. Wszystkie linie są normalnotorowe.