W sezonie 2013/14 drużyna rezerw Skry wywalczyła Puchar Polski na szczeblu województwa śląskiego. Zespół doszedł do 1/32 finału Pucharu Polski, gdzie odpadł po przegranym meczu 0:2 z Olimpią Grudziądz. Od sezonu 2014/2015 trenerem klubu został Piotr Mrozek, który zastąpił Jana Wosia. W sezonie 2015/16 stanowisko trenera przypadło Jakubowi Dziółce, który sprawował stanowisko drugiego trenera przy Piotrze Mrozku.
W sezonie 2017/2018 klub awansował do II ligi, po raz pierwszy od 67 lat wchodząc do rozgrywek na szczeblu ogólnokrajowym. W lipcu 2018 roku podpisano z Rakowem Częstochowa umowę o współpracy m.in. w zakresie rozwoju zawodników i budowy nowego stadionu piłkarskiego w Częstochowie. W tym sezonie drużyna wygrała Puchar Polski na szczeblu podokręgu Częstochowa.
W ostatniej kolejce sezonu 2020/2021 drużyna zremisowała na wyjeździe 4:4 z Garbarnią Kraków, przez co zajęła 6. miejsce w II lidze zapewniające udział w barażach o awans do I ligi. W półfinałowym meczu barażowym Skra w Chojnicach wygrała 1:0 z Chojniczanką Chojnice, zapewniając sobie udział w meczu finałowym. 19 czerwca 2021 roku na stadionie miejskim w Kaliszu Skra wygrała 3:0 z KKS 1925 Kalisz, po 69 latach awansując na drugi poziom rozgrywek piłkarskich.