W owym okresie, za sprawą Wóycickiego, czasopismo odeszło od swoich pierwotnych założeń przeglądu różnych dziedzin nauk, poświęcając niemal całą swoją treść zagadnieniom historycznym i historyczno-literackim. Spowodowało to również trywializację prezentowanych poglądów naukowych na temat zróżnicowania rasowego i kulturowego ludzkości. Od 80. XIX w. następuje wyraźny zwrot do wcześniejszego programu wydawniczego, obierając nowoczesny rys w duchu pozytywistycznym. Redakcja kontynuowała jednak działalność prelekcyjną z dziedziny historii Polski, wykładanej przez m.in. Wacława Aleksandra Maciejowskiego i Władysława Smoleńskiego. Od 1891 w skład redakcji wchodził kierownik naukowy, Dionizy Henkiel, którego zasługą było podźwignięcie poziomu tekstów z zakresu nauk przyrodniczych.
„Biblioteka Warszawska” miała również ambicje kształtowania gustów czytelniczych. Stałym kierownikiem działu literackiego od początku wydawania pisma był Tyszyński, który faworyzował poezję. Na łamach miesięcznika publikowali swoje dzieła m.in. Cyprian Kamil Norwid (Pióro 1842, Moja piosenka 1845 i in.), Teofil Lenartowicz (Zachwycenie 1853 i in.), Włodzimierz Wolski, Roman Zmorski. Po 1863 ze szpalt niemal zupełnie zniknęła poezja, pozostawiając miejsce prozie artystycznej. Publikowała pierwodruki m.in.