Gdy prałat opuszczał Watykan, dla niepoznaki przebierał się w świeckie stroje.
Władze niemieckie chciały uniemożliwić prowadzenie działalności pomocowej. Gdy zorientowały się, iż mózgiem całej akcji jest ksiądz z Watykanu, próbowały go zabić. Chociaż znały jego tożsamość, bez złamania prawa nie mogły go aresztować, dopóki pozostawał na terenie watykańskim. Gdy ambasador niemiecki poinformował ks. O’Flaherty’ego, że władze okupacyjne są świadome jego działalności, prałat zaczął spotykać się z członkami organizacji na schodach bazyliki św. Piotra, na terenie Watykanu.
Z prałatem O’Flaherty współpracowali w tajemnicy księża, zakonnicy i świeccy, ukrywając uciekinierów we własnych domach w Rzymie i okolicy. Wśród nich byli augustianie z Malty: oo. Egidio Galea, Aurelio Borg, Ugolino Gatt oraz świecki brat Robert. Kolejną osobą, która była zaangażowana w organizację pomocy i ukrywanie jeńców i Żydów, była urodzona na Malcie wdowa Chetta Chevalier. Chevalier ukrywała ich we własnym domu, razem z jej własnymi dziećmi. Jej działalność nie została wykryta. Żydowskie nabożeństwa były odprawiane w bazylice św. Klemensa, pod obrazem Tobiasza.