Świątynia ta była pod jurysdykcją rządu irlandzkiego.

Herbert Kappler, SS-Obersturmbannführer, szef SS i Gestapo w Rzymie, dowiedziawszy się o działalności watykańskiego purpurata, nakazał namalować białą linię na granicy pomiędzy Watykanem a Włochami. Gdyby O’Flaherty ją przekroczył, należało go natychmiast zastrzelić.

Gdy siły alianckie dotarły w czerwcu 1944 do Rzymu, 6425 uchodźców wciąż pozostawało przy życiu. Ks. O’Flaherty wymógł, by więźniowie niemieccy byli traktowani z respektem. Następnie poleciał do RPA, by spotkać się z włoskimi jeńcami, jak również do Jerozolimy, by zbadać sytuację uchodźców żydowskich.

Z 9700 Żydów rzymskich 1700 zginęło w niemieckim obozie koncentracyjnym Auschwitz-Birkenau, a 5000 uniknęło zagłady. Kościół katolicki, m.in. dzięki działalności ks. O’Flaherty’ego, pomógł w schronieniu 3000 w Castel Gandolfo, 200 do 400 wśród „członków” Gwardii Palatyńskiej, około 1500 w klasztorach, konwentach i kolegiach katolickich. Pozostałych 3700 ukrywało się w prywatnych domach.

Po II wojnie światowej Prałat Hugh O’Flaherty został uhonorowany Orderem Imperium Brytyjskiego, amerykańskim Medalem Wolności, odznaczeniami rządu Kanady i Australii. O’Flaherty nie przyjął przyznanej mu przez rząd włoski dożywotniej renty.