Bąblowica postępuje powoli i jest wybitnie przewlekła. Pierwsze objawy kliniczne pojawiają zwykle dopiero się po 5–10 latach (niekiedy nawet dopiero po 15 latach). Ze względu na długi bezobjawowy przebieg choroby, rozpoznanie jest z reguły późne, co utrudnia lub uniemożliwia przeprowadzenie resekcji zajętego fragmentu wątroby.
Przebieg bąblowicy jednojamowej Larwa tasiemca osadza się w wątrobie, płucach lub w innym narządzie. Wokół niej wytwarza się torbiel wypełniona płynem. Rośnie powoli, osiągając niekiedy nawet 30 cm średnicy. Zakażony człowiek może przez wiele lat nie wiedzieć, że ma taką torbiel. Dopiero gdy zacznie ona uciskać na inne narządy, pojawiają się mdłości, kłucie w boku, bóle brzucha. Konieczna jest wówczas szybka operacja, pęknięcie torbieli zagraża bowiem życiu (może spowodować wstrząs anafilaktyczny).
Przebieg bąblowicy wielojamowej Alweokoza (echinokokoza wielokomorowa, ) to groźniejsza postać choroby, która charakteryzuje się śmiertelnością wynoszącą 30–80%, zaś jej obraz kliniczny wykazuje cechy nowotworu złośliwego z przerzutami.