Organizacja miała charakter elitarny, gdyż nie można było do niej wstąpić z własnej inicjatywy, lecz przyjmowano na wniosek kierownika. Członkowie dzielili się na uczestników (uczniowie w wieku 15–21 lat) i pełnoletnich członków rzeczywistych; tylko tym drugim przysługiwała pełnia praw. Uczestnik, aby zostać członkiem rzeczywistym, musiał najpierw pełnić w organizacji funkcje instruktora, jednak nie każdy instruktor po osiągnięciu pełnoletniości stawał się członkiem rzeczywistym. Najwyższym organem SP była Rada Naczelna, której pierwszy skład stanowili założyciele; później uzupełniana była częściowo poprzez wybory (prezesi okręgów), częściowo przez kooptację. Rada powoływała Naczelnika i Naczelniczkę dla równoległych struktur męskich i żeńskich, nominacje te wymagały zatwierdzenia przez ministra oświaty. Naczelnicy powoływali członków Głównego Wydziału Wykonawczego, decydowali też o powołaniu naczelników okręgów, którzy przed nimi odpowiadali.
W 1935, po odejściu z rządu Jędrzejewicz przejął osobiście kierowanie Strażą, pozbawiona wsparcia władz organizacja popadała jednak w kryzys. Na przełomie 1936 i 1937 liczba członków zmniejszyła się o połowę. Kolejnymi kierownikami SP byli W. Sieroszewski, Witold Ipohorski-Lenkiewicz, Irena Posselt i Bolesław Wasylewski, Witold Dynowski, Marian Witkowski.