Historia Club Sport Cartaginés założony został 1 lipca 1906 roku przez kanadyjskiego imigranta Williego Pirie, grupę Kostarykańczyków angielskiego pochodzenia oraz angielskich imigrantów żyjących w Cartago. Początkowo stroje drużyny były czerwono-niebieskie. Odkąd w Cartago pojawiły się kolejne kluby piłkarskie, rozgrywano regularnie mecze z miejscowymi zespołami, takimi jak Combate i Monte Libano.
W latach 1914–1921 klub występował pod nazwą Americano. Do poprzedniej nazwy zespół powrócił w roku 1921, gdy do życia powołana została krajowa liga kostarykańska. Zmieniono też barwy strojów klubowych na biało-niebieskie pionowe pasy, które obowiązują do dziś. W roku 1923 Cartaginés zdobył swój pierwszy tytuł mistrza Kostaryki.
Wkrótce doszło w klubie do kryzysu spowodowanego licznymi transferami piłkarzy do klubów stołecznych lub do Europy. Z tego powodu w 1925 roku Cartaginés zawiesił swoją działalność. Wzrastająca popularność futbolu w Cartago doprowadziła do zorganizowania rozgrywek z udziałem miejscowych aktywnych klubów. Zaraz po tym wydarzeniu reaktywowano klub Cartaginés, którego drużynę sformowano z zawodników biorących udział w zakończonym właśnie turnieju. W roku 1935 klub wygrał trzecią ligę, a w 1936 zakończył sezon na szczycie drugiej klasy rozgrywkowej, tym samym awansując do Primera División.