Po wzmocnieniu składu w wyniku licznych transferów, klub po raz drugi zdobył mistrzostwo Kostaryki, tym razem jako beniaminek. W roku 1940 Cartaginés, mając w składzie czterech piłkarzy z roku 1936, pokonał w finale Herediano i trzeci raz sięgnął po mistrzostwo kraju.
Klub nie powtórzył tego osiągnięcia przez kolejne 81 lat. W latach 40. w barwach tej drużyny pierwsze swoje spotkania w karierze rozgrywał José Rafaela „Fello” Meza Ivancovich. W ciągu kilku lat zyskał on przydomek el Maestro, a na początku nowego tysiąclecia Ivancovich został ogłoszony najlepszym piłkarzem Kostaryki w XX wieku. Mimo to klub przez wiele dekad nie był w stanie przełamać dominacji klubów Saprissa i LD Alajuelense, dlatego największymi osiągnięciami w tym okresie pozostały tytuły wicemistrza Kostaryki. Największy kryzys przypadł na lata 80., kiedy to drużyna spadła na dwa sezony do drugiej ligi. W 1994 roku Cartaginés sięgnęli po Puchar Mistrzów CONCACAF, a dwa lata później również po zwycięstwo w Copa Interamericana.
Królowie strzelców ligi kostarykańskiej