Struensee został kochankiem królowej Danii, angielskiej księżniczki Karoliny Matyldy. Wywołało to skandal, który nasilił się zwłaszcza po narodzinach córki królowej, księżniczki Luizy Augusty, którą złośliwie nazywano la petite Struensee. Kamieniem obrazy dla Duńczyków była obojętność Struenseego wobec kultury duńskiej. Przez cały okres swojego pobytu w Danii porozumiewał się głównie po niemiecku i francusku; twierdził, że nie ma czasu, by nauczyć się języka duńskiego. W owych czasach w Kopenhadze mówiono po niemiecku równie często, jak po duńsku.
Jako przeciwnik kameralizmu Struensee wprowadził leseferyzm. Uznał Danię za kraj z małą ilością surowców, i w zasadzie rolniczy. Przestał więc popierać manufaktury i kopalnictwo, co było w zasadzie słuszne, lecz nagłość decyzji spowodowała wzrost bezrobocia.
29 stycznia 1771 został odznaczony ustanowionym tego dnia Orderem Matyldy.
Struenseemu dane był rządzić jedynie rok (1770–1771). Rankiem 17 stycznia 1772 roku aresztowano Struenseego i Enevolda Brandta. Było to nazajutrz po balu maskowym, więc zaskoczono ich w głębokim śnie. Jeszcze przed świtem zatrzymano królową. Zamach przygotowali oburzeni Duńczycy;