II Rzeczpospolita Po odzyskaniu niepodległości przez Polskę, pozostał w MSZ rozpadającej się monarchii austro-węgierskiej. Działał tam jako polski delegat Głównego Urzędu Likwidacyjnego, odpowiadając za przejmowanie polskich spraw z rozwiązywanych cesarsko-królewskich urzędów. Natomiast w styczniu 1919 r. zatrudnił się w polskim MSZ, angażując się w budowę struktur resortu. Umożliwiały mu to stanowiska, jakie objął w następnym miesiącu, czyli ministra nadzwyczajnego i pełnomocnego do spraw personalnych MSZ, a od 17 lutego 1919 r. kierownika Wydziału Prezydialno-Personalnego Departamentu Prawno-Administracyjnego. Bertoni szczególną uwagę przywiązywał do stworzenia dobrze funkcjonujących sieci polskich placówek dyplomatycznych. 10 kwietnia1921 r. został dyrektorem Departamentu Administracyjnego ministerstwa. Stanowisko piastował do 18 grudnia 1923 r., pozostając równocześnie sekretarzem generalnym MSZ. W tym okresie dość często brał udział w posiedzeniach Komitetu Politycznego Rady Ministrów. W latach 1922–1923 Bertoni zaangażował się w pracę innych organów funkcjonujących przy Radzie i MSZ. W 1922 r. został powołany do Rady Opieki Kulturalnej przy ministerstwie oraz do Najwyższej Komisji Dyscyplinarnej przy Prezesie Rady Ministrów, rok później zasiadał zaś w Komisji Egzaminacyjnej w MSZ jako przewodniczący.