19 grudnia 1923 r. został mianowany kierownikiem MSZ w rządzie Władysława Grabskiego. Sprawował tę funkcję do 19 stycznia 1924 r., czyli do objęcia teki szefa MSZ przez Maurycego Zamoyskiego. Nieoficjalnie pełnił obowiązki do 9 lutego 1924 r. Podczas kierowania ministerstwem nadal pozostawał dyrektorem Departamentu Administracji. Bertoni doprowadził do podpisania konwencji konsularnych z państwem łotewskim i estońskim, a także polsko-niemieckiego układu wprowadzającego zmiany w konwencji górnośląskiej. Brał również czynny udział w posiedzeniach Komitetu Politycznego Rady Ministrów, gdzie omawiał chociażby stosunki polsko-rumuńskie oraz relacje z krajami bałtyckimi.
Gdy Zamoyski objął urząd ministra, Bertoni brał udział jako zastępca szefa resortu lub podsekretarz stanu MSZ w obradach Komitetu Politycznego Rady Ministrów. Swoje, uczestniczył w ceremoniach np. otwarcie 3 maja 1925 r. nowego gmachu Ambasady Polskiej w Paryżu. 22 lutego 1926 r. powierzono mu stanowisko kierownika Departamentu Konsularnego. Po zamachu majowym jego wpływy oraz władza w MSZ była stopniowo ograniczana. W 1931 r. odszedł z ministerstwa.