Bractwa traciły na znaczeniu na obszarach ogarniętych reformacją w XVI w. Ponowny ich rozwój wspierany był przez kontrreformację po Soborze trydenckim w latach 1545–1563. Członkowie bractw katolickich podejmowali modlitwę w intencji obrony Kościoła, kładli nacisk na dokształcanie i walkę ideową. Powstawały bractwa katechetyczne podległe Arcybractwu Nauki Chrześcijańskiej. Zapotrzebowanie społeczne wymogło powstanie bractw dobrej śmierci. Jakby wbrew reformacji bractwa obierały świętych patronów, np. Matkę Bożą. W odpowiedzi na jansenizm bractwa popierały kult Serca Jezusowego, Najświętszego Sakramentu, Serca Maryi. Jezuici i franciszkanie popierali rozwój Sodalicji Mariańskiej. Od XVII w. bractwa odgrywały też dużą rolę w ewangelizacji nowych kontynentów.
Duży kryzys, jeśli chodzi o istnienie bractw kościelnych, przypadł na dobę oświecenia. We Francji i zajętych Włoszech bractwa likwidowano dekretami urzędowymi. Również w Austrii likwidowano je odgórnie w czasach józefinizmu. Część przetrwała nieoficjalnie, pozostając bez należytej opieki duchowej, by odrodzić się w jakimś stopniu w XIX wieku. Pojawiły się nowe bractwa trzeźwościowe. Wiele z nich miało charakter kulturalno-oświatowy, ożywiały kult Serca Jezusowego i Matki Bożej. Bractwa organizowały też przy swoich klasztorach zakony.