W okresie „przełomu” wiele oddziałów GS brało udział w walkach oddziałów AK, w tym w marszu na pomoc Warszawie. W powstaniu warszawskim bataliony „Zośka” i „Parasol” walczyły na Woli, Starówce i Czerniakowie, ponosząc straty sięgające 80%. Kompania „Rudy” batalionu „Zośka” została nazwana przez Komendanta Głównego AK najlepszą kompanią Armii Krajowej. Batalion „Wigry” walczył na Woli i Starówce.
Podstawowe zasady
Członków organizacji obowiązywało przedwojenne Prawo i Przyrzeczenie harcerskie. Przyrzeczenie uzupełniono dodatkową rotą konspiracyjną:
„Ślubuję na Twoje ręce pełnić służbę w Szarych Szeregach, tajemnic organizacyjnych dochować, do rozkazów służbowych się stosować, nie cofnąć się przed ofiarą życia”.
Podstawową zasadą programu było wychowanie przez walkę. Program został sprecyzowany w koncepcji Dziś, jutro, pojutrze.
„Dziś” oznaczało okres konspiracji i przygotowanie do powstania, „Jutro” – otwartą walkę zbrojną z okupantem, powstanie, „Pojutrze” – pracę w wolnej Polsce.