Działalność Organizacja harcerzy prowadziła ponadto akcję „M”, usiłując oddziaływać na całą młodzież niezorganizowaną. Wydawała wiele pism, w tym pisma Głównej Kwatery: „Źródło”, później „Dęby”, „Drogowskaz”, „Pismo Młodych”, „Brzask”, wydawała liczne broszury i książki, m.in. „O powołaniu naszego pokolenia”, „Wielka gra”, „Przodownik” i „Kamienie na szaniec”. Wyszkoliła ok. 300 instruktorów.

Oddział specjalny – III Kompania Wydzielona (nazwy: „Agat” – „Pegaz” – Parasol). Zadaniem oddziału było likwidowanie szczególnie szkodliwych hitlerowców – głównie funkcjonariuszy SS lub innych wysokich oficerów niemieckich.

Organizacja harcerzy poniosła bardzo duże straty, m.in. 20 lutego 1944Źródło: Baza Zmarłych Więźniow Obozu KL Gross-Rosen. zginął prawdopodobnie w obozie Gross-Rosen twórca i pierwszy Naczelnik Florian Marciniak (aresztowany 6 maja 1943), w powstaniu warszawskim poległ zastępca Naczelnika E. Stasiecki. Szare Szeregi zostały rozwiązane 17 stycznia 1945.