Liturgię w miejscowym kościele sprawowało od 1512 sześciu mansjonarzy, którzy podlegali prepozytowi (proboszczowi): jeden z mansjonarzy był rektorem szkoły parafialnej. Mansjonarię ufundował Krzysztof Szydłowiecki, a w 20. XVI w. fundację wznowił jego brat Mikołaj. W 1527, kolejny fundator założył przykościelną szkołę elementarną, a w 1529 wybudował w mieście drugi kościół pw. św. Ducha.
Mikołaj Radziwiłł „Czarny”, który w 1555 przyjął kalwinizm, zamknął 10 marca 1564 kościół farny, uniemożliwiając odprawianie nabożeństw. Nie zamienił jednak kościoła na zbór. W Szydłowcu istniała w tym czasie gmina protestancka, o czym świadczy obecność duchownych stwierdzona w 1563. Jednak protestantyzm nie natrafił na podatny grunt wśród szydłowieckich parafian. Proboszczem rzymskokatolickiej parafii był wówczas K. Zaborowski. W tym czasie miasto posiadało jeszcze jeden kościół – szpitalny oraz kaplicę św. Mikołaja na zamku. Kościół otworzył syn Mikołaja „Czarnego”, Mikołaj Krzysztof Radziwiłł „Sierotka”.
Przy parafii istniały bractwa Świętej Anny i szkaplerza Najświętszej Maryi Panny (wzmiankowane w 1626 i 1638) oraz Arcybractwo Różańcowe (1628), kładące nacisk na modlitwę osobistą i wspólnotową, życie sakramentalne oraz uczynki miłosierdzia.