Komendant Józef Piłsudski – już wtedy Naczelny Wódz i Naczelnik Państwa – zdecydował jednak utworzyć z nich osobny pułk, którego dowódcą 26 listopada 1918 mianował majora Zygmunta Bobrowskiego.
W ogólnej numeracji istniejących, bądź też tworzących się wówczas pułków Legia Akademicka otrzymała 3 grudnia numer 36, a dziesięć dni potem złożyła na Placu Saskim wobec Naczelnego Wodza uroczyste ślubowanie na wierną i ofiarną służbę Rzeczypospolitej.
Organizacja i obsada personalna pułku w grudniu 1918 r. przedstawiała się następująco: dowódca pułku – mjr Zygmunt Bobrowski adiutant – ppor. Jerzy Krubski lekarz – kpt. Władysław Leon Osmolski dowódca I baonu – kpt. Witold Sadowski dowódca II baonu – kpt. Kazimierz Sawicki dowódca kompanii szkolnej podoficerskiej (zalążek III batalionu) – por. Piotr Salnicki W skład każdego batalionu wchodziły cztery kompanie strzeleckie i kompania karabinów maszynowych. W grudniu 1919 batalion zapasowy pułku stacjonował w Warszawie.