Wspierany przez Bradleya i Eisenhowera Huebner jednak nie ustępował, a morale dywizji stopniowo się poprawiało. Jako dowódca Wielkiej Czerwonej Jedynki podczas operacji Overlord, kierował lądowaniem 1 Dywizji Piechoty na plaży Omaha 6 czerwca 1944 roku, po którym poprowadził swoją dywizję na Saint-Lô, zdobyte w połowie lipca. Później 1 Dywizja Piechoty pod jego rozkazami odparła niemiecką kontrofensywę pod Mortain i ścigała armię niemiecką przez całą Francję aż do granicy Niemiec, tocząc tam bitwę o Akwizgran i las Hürtgen.
Dowództwo V Korpusu W styczniu 1945 roku Huebner objął dowództwo nad V Korpusem, który pokierował od Renu do Łaby w czasie inwazji na Niemcy, gdzie jego wojska nawiązały pierwszy kontakt z Armią Czerwoną. Dowodził V Korpusem do 11 listopada 1945 roku.
Służba powojenna Po II wojnie światowej służył jako zastępca szefa sztabu armii w Pentagonie od końca 1945 roku do 1946 roku, kiedy to został szefem sztabu United States European Command (EUCOM). Otrzymał ostatni awans do stopnia generała porucznika 28 marca 1947 roku, a także pełnił funkcję zastępcy dowódcy EUCOM od 1947 do 1950 roku.