W sierpniu 1996 r. Zianon Paźniak opuścił Białoruś, bo uważał, że istnieje zagrożenie dla jego życia ze strony reżimu. Po wyjeździe Paźniak formalnie zachował stanowisko przewodniczącego Białoruskiego Frontu Ludowego; pełniącym obowiązki przewodniczącego w kraju został Lawon Barszczeuski. Partia aktywnie wystąpiła przeciwko krokom władzy, zmierzającym do ograniczenia demokracji oraz pogłębienia integracji z Rosją, zwłaszcza utworzeniu Związku Białorusi i Rosji oraz reformie konstytucyjnej 1996 roku, organizując masowe akcje protestacyjne.
W połowie lat 1990. liczbę zarejestrowanych członków partii oceniano na ponad 10 000 osób.
Od 1999 W następnych latach różnica poglądów w kierownictwie PBNF, dotyczących strategii politycznej walki, doprowadziła do głębokiego konfliktu między zwolennikami (Wiaczorka, Barszczeuski, Chadyka) a przeciwnikami (Paźniak, Bieleńki) ścisłej współpracy z innymi opozycyjnymi partiami i stworzenia zjednoczonej opozycji. W maju 1999 r., w piątą rocznicę wyboru Łukaszenki na prezydenta, opozycja zorganizowała „alternatywne wybory prezydenckie”, na których kandydowali Zianon Paźniak i były premier Michaił Czyhir. Była to faktycznie akcja mobilizacyjna i agitacyjna, mająca pokazać, że znaczna część obywateli Białorusi nie uważa reżimu Łukaszenki za prawowity.