Rozgałęzione struktury organizacyjne BNF były wykorzystywane do tworzenia lokalnych komisji wyborczych. Wkrótce Zianon Paźniak wycofał swoją kandydaturę pod pretekstem nadużyć i nienależytego wykonania swoich obowiązków ze strony przewodniczącego Centralnej Komisji Wyborczej Wiktara Hanczara, co pozbawiło sensu całą akcję. Decyzja ta została negatywnie odebrana przez część członków i kierownictwa partii.

W roku 1999 IV zjazd BFL wybrał na stanowisko przewodniczącego partii Wincuka Wiaczorkę. W tym samym roku doszło do rozłamu w łonie Frontu i utworzenia Konserwatywno-Chrześcijańskiej Partii Białoruski Front Ludowy pod kierownictwem Paźniaka. BFL na czele z Wiaczorką zaczął aktywną współpracę ze Zjednoczoną Partią Obywatelską oraz innymi partiami opozycyjnymi, stając się częścią zjednoczonej opozycji. BFL i ZPO zostały ugrupowaniami, które najaktywniej działały w Koordynacyjnej Radzie Demokratycznych Sił – organie naczelnym zjednoczonej opozycji.