Wpierw wzniesiono „potrójne” prezbiterium, ściśle podporządkowane określonej funkcji, następnie halowy korpus nawowy. Zachodnia część z dwoma wieżami została ostatecznie ukończona około 1340 roku.
Reformacja w Marburgu miała miejsce w roku 1526, natomiast od 18 maja 1535 luteranie przejęli kościół. W 1570, zmarł ostatni katolicki komandor Zakonu. Choć kościół dalej należał do Zakonu, jednakże już pełnił funkcję świątyni ewangelickiej. Prestiż kościoła był przyczyną sporów pomiędzy katolikami i luteranami, jednakże ostatecznie relikwie świętej przeniesiono do Andechsa w katolickiej Bawarii. W latach 1811–1827 w kościele odbywały się nabożeństwa obu wyznań, korpus nawowy był miejscem sprawowania nabożeństw luterańskich, prezbiterium katolickich.
Obecnie kościół należy do gminy ewangelickiej, przy czym jego funkcja opiera się na dawnej katolickiej tradycji, ponadto mają tu miejsce nabożeństwa o charakterze ekumenicznym. Jest to także miejsce licznych koncertów muzyki dawnej i klasycznej. Obok świątyni znajduje się dom pielgrzyma i duża baza turystyczna;