W utworzonej bazie tworzona jest lista identyfikatorów i haseł, które dają dostęp do rozmaitych kont. Plik bazy jest wprawdzie zapisywany na dysku, ale jest on zarazem szyfrowany, dzięki czemu nie można obejrzeć jego niezakodowanej zawartości za pomocą innych programów. Mocne szyfrowanie takie jak Blowfish, AES czy Twofish zapewnia, że osoba chcąca poznać faktyczną zawartość bazy, musiałaby użyć do pracy deszyfrującej wiele komputerów na całe lata czy dziesiątki lat, dysponując odpowiednim budżetem.
Również same dane umieszczane w bazie są chronione w specjalny sposób. Na przykład hasła mogą być zapisane nie w jawnej postaci, ale jako ciąg powstały po zaszyfrowaniu wybranym algorytmem. Chronione są też te dane podczas pracy programu, kiedy to muszą być wpisane do pamięci operacyjnej przydzielonej do procesu menedżera – zazwyczaj zapisywane są w postaci zaszyfrowanej za pomocą klucza sesyjnego.
Cechy dobrego menedżera haseł Dobry, godny zaufania i stosowania menedżer haseł powinien: używać odpowiednio silnego szyfrowania bazy danych dodatkowo chronić dane zapisane w bazie, np.