Praca pedagogiczna W latach 1977–1978 uczył malarstwa w Dreźnie, w Hochschule für Bildende Künste. W latach 1978–1982 prowadził pracownię malarstwa na Wydziale Projektowania Wnętrz w Państwowej Szkole Sztuk Plastycznych we Wrocławiu. Od 1981 do 1992 uczył na Uniwersytecie Mikołaja Kopernika w Toruniu, w latach 1984–1991 sprawował tam funkcję kierownika Zakładu Malarstwa Instytutu Artystyczno-Pedagogicznego, w 1989–1991 był dyrektorem Instytutu. W 1990 otrzymał tytuł profesora nadzwyczajnego. Od 1991 prowadził pracownię malarstwa w Wyższej Szkole Pedagogicznej w Olsztynie, od 1996 sprawował funkcję Kierownika Zakładu Malarstwa. W 1999 doktorat pod jego kierunkiem uzyskał Marek Szczęsny. W 2001 przeszedł na emeryturę.
Zmarł 20 września 2009, pochowany został na cmentarzu Wolskim w Warszawie.
Twórczość Twórczość Janusza Kaczmarskiego jest zjawiskiem osobnym na tle współczesnego polskiego malarstwa. Wpłynęły na to do pewnego stopnia studia na Akademii w Leningradzie i w Kijowie. W opozycji do realizmu socjalistycznego jakiego tam uczono, odniesieniem dla jego malarstwa stała się przede wszystkim sztuka dawna, w dążeniu do dociekliwości obserwacji i pogłębianiu relacji tematu i formy.