Muhammad Umar zmarł w 1823 roku na skutek trwającej rok choroby, na tronie zasiadł jego 16 letni syn – Muhammad Ali (zwany Madalim).

Muhammad Ali był zupełnym przeciwieństwem ojca, jeśli chodzi o pobożność i tryb życia, jednak również dynamicznie rozwinął terytorium państwa, przynajmniej na początku jego władzy. Podbite przez Muhammada Alego tereny obejmowały południowe stoki Gór Ałajskich, Dolinę Raszt, Góry Darwaskie, Szignan, Ruszon oraz Wachan. W latach 1826–1831 organizował wyprawy na Kaszgar, w wyniku czego zapewnił sobie regularną daninę z tego terenu oraz tytuł obrońcy wiary (ghazi). Z biegiem czasu jednak jego relacje z Emiratem Buchary stopniowo się pogarszały, w wyniku kolejnych wojen Buchara podporządkowała sobie Chodżent oraz zwasalizowała Chanat Kokandzki – Muhammad Ali musiał przyjąć zwierzchnictwo emira Buchary. Muhammad Ali dążył do wyrwania się z niekorzystnej dla niego sytuacji – próbował rozwiązać to przez nawiązywanie relacji z Rosją, nie przyniosło to jednak żadnych skutków. Wkrótce wybuchła kolejna wojna z Emiratem Buchary a chan Muhammad Ali został zmuszony do abdykacji. Jego miejsce zajął młodszy brat – Sultan Mahmud.