W pierwszych miesiącach po odzyskaniu niepodległości pojawił się pomysł zrównania Cytadeli z ziemią, przy czym miano zatrudnić bezrobotnych, nie został jednak zrealizowanyCytadela grudziądzka Biuro Promocji i Informacji, Urząd Miejski, Grudziądz 1999 ..
W latach 1920–1939 forteca była nadal używana do celów wojskowych, mimo rozwoju techniki militarnej i pojawienia się m.in. samolotów. W murach grudziądzkiej Cytadeli stacjonował 18 Pułk Ułanów Pomorskich oraz 16 Pułk Artylerii Polowej, przemianowany w 1931 na 16 Pomorski Pułk Artylerii Lekkiej. Znajdowały się tam również magazyny wojskowe (tzw. Składnica Materiału Intendenckiego). Niektóre budynki były wykorzystywane na potrzeby Centrum Wyszkolenia Kawalerii.
Administracja, konserwacja i modernizacja obiektów twierdzy leżała w kompetencjach Szefostwa Fortyfikacji Grudziądz. Ostatnim szefem fortyfikacji był mjr sap. Karol Wiliński.
II wojna światowa