Decyzją rządową z 1872 twierdzę oficjalnie zlikwidowano. Obiekty fortyfikacyjne służyły między innymi dla testowania nowych rodzajów armat i amunicji. Funkcja twierdzy była jednak przywracana miastu dwukrotnie: po wybudowaniu mostu na Wiśle w latach 1876–1888 i 1 września 1944 roku w związku ze zbliżaniem się Armii Czerwonej.
W Grudziądzu mieścił się sztab 35 Dywizji Cesarstwa Niemieckiego (w 1912 przeniesiony do Torunia), a także: sztab 35 Brygady Kawalerii (niem. 35. Kavallerie-Brigade) 4 Pułk Strzelców Konnych (niem. Jäger-Regiment zu Pferde Nr. 4) sztab 35 Brygady Artylerii Polowej (niem. 35. Feldartillerie-Brigade) 71 Artylerii Polowej Groß-Komtur (niem. Feldartillerie-Regiment Nr. 71 Groß-Komtur) Landwehr-Inspektion Graudenz
Okres międzywojenny W 1919 był tu więziony przez Niemców skazany na śmierć Józef Wrycza zwany również księdzem generałem (choć oficjalnie miał stopień podpułkownika WP).
23 stycznia 1920 twierdza wraz z miastem przeszła w ręce polskie.