Zatrudniali go w owym czasie Manuel Lisa i John Jacob AstorZałożyciel Amerykańskiej Kampanii Futrzarskiej.
W czasie wojny roku 1812 Charbonneau skutecznie zapobiegał stawaniu lokalnych plemion po stronie angielskiej, co uchroniło je od ewentualnych represji. Po wojnie służył – od czasu do czasu – jako przewodnik różnorodnych wypraw na zachód, w tym ekspedycji amerykańskich handlarzy futer z Santa Fe do Taos w dzisiejszym Nowym Meksyku. Podczas tych wypraw dotarł na niezbadane dotąd obszary w środkowych i południowych pasmach Gór Skalistych, aż po Wielkie Jezioro Słone.
W roku 1820 był przewodnikiem i tłumaczem płk. Stephena Harrimana Longa w jego wyprawie w region Wielkich Równin w dzisiejszym stanie Kansas. W trzy lata później obsługiwał wyprawę łowiecką niemieckiego księcia Paula Wilhelma Würtemberskiego na tym samym obszarze. Zachwycony książę w drodze powrotnej zabrał ze sobą do Europy 18-letniego Jean-Baptiste'a, gdzie syn Charbonneau miał zdobyć wykształcenie.
W początkach lat trzydziestych XIX wieku Charbonneau, mimo podeszłego wieku, nadal pracował jako traper i handlarz futer.