Okres powojenny 2 czerwca 1945 powrócił do Czechosłowacji. 5 czerwca urodziła się jego córka. Wkrótce rozpoczął pracę w ČSA. W lecie tego samego roku do kraju powróciła jego żona wraz z dzieckiem. Po przejęciu władzy przez czechosłowackich komunistów w 1948 roku zaczęli go nachodzić agenci służb bezpieczeństwa. Pojawiały się również plotki o jego śmierci. 30 września 1950 wraz z żoną zbiegł do Wielkiej Brytanii, a stamtąd do USA. Do 1967 pracował jako bibliotekarz. Zmarł w roku 1984, pochowano go w kwaterze czechosłowackiej na Brookwood Cemetery w angielskim hrabstwie Surrey.
Kontrowersje Kilkukrotnie zeznawał w sprawie katastrofy w Gibraltarze z 4 lipca 1943 roku. Pierwszy raz wystąpił przed brytyjską komisją śledczą działającą w okresie 7–23 lipca 1943. Zeznawał wówczas pod przysięgą i nie odmówił odpowiedzi na żadne pytanie, jednak sprawa do dziś budzi wątpliwości i jest przedmiotem niepotwierdzonych teorii spiskowych. Niewykluczone, że zeznania pilota były niejednoznaczne częściowo z powodu amnezji wstecznej. Prchal swoją wersję wypadków wielokrotnie jednak podtrzymywałM.in.