Najwyższą władzą jest Rada Naukowa Ogólna, złożona z wykładających i rzecz niezwyczajna – przedstawicieli słuchaczów. Wszystkie inne władze powstają w swym składzie z wyborów, mianowicie Rektorat, Zarząd, Dziekanaty, Rady Wydziałów i t. d. Jak w rzeczypospolitej, jak w każdym zresztą ustroju samorządnym, występują rozmaite zdania i siły kształtujące i często ostro ścierają się ze sobą. Wyniki muszą być oczywiście kompromisowe, eklektyczne, może nawet i nieco chaotyczneIgnacy Myślicki, Wolna Wszechnica Polska w obecnym jej stanie, w: Ex Litteris Libertas: jednodniówka studentów Wolnej Wszechnicy Polskiej w Warszawie, Warszawa 1923, s. 27–31, RCIN – wersja elektroniczna.. Wolna Wszechnica Polska miała cztery wydziały: Matematyczno-Przyrodniczy, Humanistyczny, Nauk Politycznych i Społecznych oraz Pedagogiczny. Od 1919 roku w ramach Wolnej Wszechnicy Polskiej działało Collegium Publicum prowadzące ogólnodostępne wykłady niedzielne. W skład Wszechnicy wchodziły także: Studium Pracy Społeczno-Oświatowej (od 1925), Studium Skarbowo-Finansowe (od 1926), Studium Administracji Komunalnej (od 1926) i Studium Migracyjno-Kolonialne (od 1936)Jacek Gorzkowski, Wolna Wszechnica Polska w: Encyklopedia historii Drugiej Rzeczypospolitej, Warszawa 1999, s. 499, ..