W czerwcu Emil Niemiec oddelegowany został do Kartuz jako Komendant Powiatowy Wychowania Fizycznego i Przysposobienia Obronnego. Następnie służył na podobnym stanowisku w Wejherowie. Od 1929 roku czynnie uczestniczył w budowie strzelnicy i stadionu sportowego na Wzgórzu Wolności w Wejherowie. Od końca 1930 roku w 2 batalionie strzelców w Tczewie. Od 1937 roku był komendantem 65 Obwodu Przysposobienia Wojskowego i dowódcą Starogardzkiego Batalionu Obrony Narodowej. Na stopień majora został mianowany ze starszeństwem z 19 marca 1938 i 10. lokatą w korpusie oficerów piechoty.
W czasie kampanii wrześniowej 1939 roku dowodzony przez niego batalion został podporządkowany dowódcy 209 pułku piechoty. Przeszedł szlak Opalenie k. Gniewu → Sartowice (przeprawa przez Wisłę) → Chełmża → Toruń → Włocławek → Gostynin → Gąbin → Łasice → Warszawa. Mimo poniesionych strat, jako jeden z nielicznych dowódców wyprowadził swój oddział jako zwartą jednostkęKonrad Ciechanowski: Armia Pomorze 1939 s. 214 oraz 75, 113, 147, 151, 179, 228, 257, 345, 351, 363. Okres II wojny światowej spędził w obozach Hohnstein, Arnswalde i Grossborn. W oflagu IV A miał numer 48526. W obozie pełnił między innymi funkcję dowódcy kompanii oficerskiej w skład, której wchodzili oficerowie grający w teatrze obozowym (por. Słotwiński, ppor.