W Stanach Zjednoczonych została członkinią Instytutu Bostońskiego Stowarzyszenia Psychoanalityków, gdzie przede wszystkim szkoliła psychoanalityków. W latach 1939–1941 była pierwszą kobietą – prezeską stowarzyszenia. Pracowała w klinice Massachusetts General Hospital kierowanej przez dr. Stanleya Cobba, gdzie jej mąż założył oddział psychosomatyczny. Była również profesorką w bostońskim uniwersytecie.
W latach 30. Deutschowie kupili farmę, którą nazywali „Babą-Jagą”. Helena do śmierci mieszkała w Cambridge.
Kontynuując dzieło Freuda, Deutsch przejęła jego idee kompleksu Edypa, zazdrości o penisa, lęku przed kastracją i narcyzmu, podkreślała jednak różnice anatomiczne pomiędzy płciami oraz ich specyficzne oddziaływania na psyche i seksualność kobiecą. Tym zagadnieniom poświęciła najważniejsze swoje dzieło – The Psychology of Women (Psychologia kobiety), wydane w latach 1944–1945, które oparła zarówno na obserwacjach klinicznych, jak i własnych doświadczeniach.
W 1973 roku ukazała się jej autobiografia Confrontations with myself, przetłumaczona na język polski dopiero w 2008.
Syn Heleny i Feliksa Martin Deutsch był jednym z najwybitniejszych amerykańskich fizyków nuklearnych, profesorem Masachusetts Institute of Technology, odkrywcą positronium (Ps).