Deutsch przeżywała w związku z ciążą oraz świadomością własnego losu kobiety konflikty, którym próbowała zaradzić, udając się w 1918 roku na psychoanalizę do Sigmunda Freuda, który jednak przerwał terapię, nie mógł bowiem dostrzec żadnych objawów nerwicy, a także potrzebował czasu na spotkania z człowiekiem-wilkiem.
W 1907 przeczytała analizę marzeń sennych Sigmunda Freuda, a w 1914 uczęszczała na jego wykłady z zakresu psychoanalizy. Jako uczennica i współpracownica Freuda, a od 1918 roku jako członkini Wiedeńskiego Stowarzyszenia Psychoanalitycznego, Helene Deutsch była pierwszą kobietą, która w bardziej intensywny sposób zajmowała się „psychologią kobiecą”. W 1923 roku przeprowadziła się do Berlina, gdzie kontynuowała edukację i przeszła analizę szkoleniową u Karla Abrahama. W 1925 przyczyniła się do zorganizowania Wiedeńskiego Towarzystwa Psychoanalitycznego, i jako pierwsza kobieta na takim stanowisku w ówczesnym Wiedniu została dyrektorką instytutu, którym kierowała blisko 10 lat. Sekretarzynią instytutu była Anna Freud. W roku 1935 rodzina Deutschów uciekła z Niemiec do Stanów Zjednoczonych, ich syn Martin aktywnie działał w ruchu oporu przeciwko reżimowi pod przywództwem Engelberta Dolfussa.