Mocą zawartego traktatu krakowskiego z 8 kwietnia 1525 Albrecht zostawał księciem w Prusach i pierwszym senatorem I Rzeczypospolitej z prawem dziedziczenia dla jego potomków w linii męskiej. Traktat dokładnie określił warunki złożenia hołdu: Winien pan margrabia Albrecht złożyć przysięgę Jego Królewskiej Mości i Królestwu Polskiemu, jako swemu przyrodzonemu i dziedzicznemu panu, oraz okazywać się na przyszłość posłusznym Jego Królewskiej Mości we wszystkim, jak z prawa należy księciu wasalnemu względem swego dziedzicznego pana. Powinien też margrabia Jerzy w imieniu własnym i swych braci dotknąć proporca chorągwi.
Prusy Książęce zerwały tym samym swój związek podległości wobec papiestwa i Świętego Cesarstwa Rzymskiego. Już jednak w 1573 przedstawiciel bocznej linii Hohenzollernów Jerzy Fryderyk von Ansbach, powołując się na postanowienia traktatu krakowskiego zażądał przekazania mu kurateli nad chorym umysłowo księciem pruskim Albrechtem Fryderykiem. W latach 1578–1618 w Prusach Książęcych rządzili faktycznie regenciPo wymarciu męskiej linii Hohenzollernów Prusy Książęce miały zostać wcielone do Korony. Jednak nadzieje te przekreślił Zygmunt August już 5 lutego 1563 roku, kiedy to dopuścił do sukcesji lenna pruskiego elektorów brandenburskich.