W sezonie 2005/2006 Dimitris był równie skuteczny co w poprzednich i strzelając 17 goli został królem strzelców ligi.
Latem 2006 Salpingidis otrzymał oferty z trzech najsilniejszych klubów ligi greckiej: AEK-u Ateny, Olympiakosu Pireus i Panathinaikosu Ateny. Ostatecznie po długich negocjacjach Salpingidis wybrał ten trzeci klub i podpisał dwuletni kontrakt. W zamian za napastnika PAOK otrzymał 1,8 miliona euro, a także trzech zawodników ateńskiego klubu: Sándora Torghelle, Kostasa Charalambidisia oraz Thanasisa Tsigasa. Łącznie suma transakcji wyniosła 5 milionów euro i jest to rekord transferowy pomiędzy dwoma klubami greckimi. W Panathinaikosie Salpingidis zadebiutował 20 sierpnia w wygranym 4:1 wyjazdowym meczu z AO Egaleo i już w debiucie ustrzelił hat-tricka. W sezonie 2006/2007 zdobył 14 bramek w lidze, a z Panathinaikosem zajął 3. pozycję w lidze. W 2010 roku został mistrzem Grecji.
W 2010 roku Salpinidis wrócił do PAOK-u Saloniki.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1999/00 AE Larisa
Beta Ethniki 7 0 2000/01 AO Kawala
Beta Ethniki 15 5 2001/02 AO Kawala
3.