Najbardziej napięte relacje dzieliły jego rząd z Senegalem, Francją i Wybrzeżem Kości Słoniowej. Uległy one dalszemu napięciu w kwietniu 1960 roku, gdy ogłoszono rozbicie nieudanego puczu. Do kolejnej nieudanej próby odsunięcia Touré miało dojść w 1965 roku. Prezydent o zainspirowanie puczu oskarżył Wybrzeże Kości Słoniowej. W tym samym roku działalność rozpoczęła antyrządowa grupa Front pour la libération nationale de Guinée (FLNG). Przywódcy grupy znajdowali się na emigracji we Francji, Senegalu i Wybrzeżu Kości Słoniowej. Do walki z FLNG prezydent oprócz regularnej armii wykorzystał partyjną milicję liczącą w połowie lat 60. około 30 tysięcy osób. Gwinea wspierała partyzantów walczących o niepodległość Gwinei Bissau należącej wówczas do Portugalii. W 1970 roku Portugalia wszczęła kampanię propagandową przeciwko Gwinei na łamach NATO, a 22 listopada przeprowadziła nieudany atak na Gwineę. Po powstrzymaniu inwazji jego rządy stały się coraz bardziej represyjne, a on sam coraz bardziej ostrożny.