W 1953 roku sekretarz stanu ds. kolonii Wielkiej Brytanii zaprezentował Mutesie plan stworzenia federacji złożonej ze wschodnioafrykańskich kolonii brytyjskich na wzór federacji takich jak Rodezja i Niasa, lecz Mutesa nie zgadzał się na takie rozwiązanie i odmówił współpracy przy realizacji tego planu. Przedstawił natomiast swoje żądania niezależności Bugandy od Ugandy i niepodległości, przypominając o układzie, jaki Brytyjczycy zawarli wcześniej z Bugandą. Po odmowie przedstawienia brytyjskich rekomendacji parlamentowi Bugandy Lukiko, Mutesa został aresztowany i deportowany – w dniu 30 października 1953 roku ówczesny gubernator brytyjski Andrew Cohen nakazał Mutesie II udać się na emigrację do Wielkiej Brytanii. Nagła deportacja kabaki spotkała się z protestami Gandów, a Mutesa stał się bohaterem narodowym. Miało to niepożądane dla Wielkiej Brytanii konsekwencje w postaci niemożności ustabilizowania sytuacji w kraju, której nie umiała zaradzić nawet dwukrotnie zarządzająca stan wyjątkowy rada regencyjna, założona z inicjatywy brytyjskiej.