Dwa lata później, w 1955 roku Mutesa II powrócił do kraju za pozwoleniem władz brytyjskich, wobec których ustąpił, zgadzając się na włączenie Bugundy do Ugandy na prawach kraju autonomicznego – po powrocie szybko zrewidował swoją pozycję.
Po powrocie Mutesa jako monarcha konstytucyjny miał ogromny wpływ na rząd Bugandy. Kontynuował swe starania nie tylko o autonomię, ale i o niepodległość kraju. W czerwcu 1960 roku nie miał zamiaru wziąć udziału w przeprowadzonych w Ugandzie wyborach: odmówił, żądając dla Bugandy specjalnych przywilejów, jednak nie zważano na jego sprzeciw. Wybory się odbyły, wskutek czego zostały ustalone ostateczne granice Ugandy. W październiku 1961 roku Mutesa ustąpił pod naciskiem Brytyjczyków, pozwalając na przyłączenie Bugandy do Ugandy. Sprzymierzył się wówczas z ugandyjskim prawnikiem Apollo Miltonem Obote, dzięki czemu w 1962 roku wygrał wybory prezydenckie i został pierwszym w historii Ugandy prezydentem, Obote zaś objął 30 kwietnia 1962 urząd premiera.
Jako jedyna część Ugandy, Buganda cieszyła się wówczas specjalnym statusem autonomicznym – była „państwem w państwie” z własnym parlamentem i policją.