Udało się mu to za trzecim razem, w wyborach prezydenckich w 2011, w których wystartował jako kandydat niezależny.
Edukacja Manuel Pinto da Costa urodził się w 1937 w dystrykcie Água Grande na Wyspie Świętego Tomasza, terytorium wchodzącym wówczas w skład kolonii portugalskich. Jego ojciec był urzędnikiem zarządzającym plantacjami rolniczymi. Edukację rozpoczynał na wyspie, po czym ukończył seminarium w Angoli oraz kolegium w Lizbonie. Pod koniec lat 50. XX wieku został absolwentem University of London. Wyjechał do Francji oraz na Kubę, a następnie do NRD. W 1961 w Rabacie został wybrany sekretarzem ds. informacji i propagandy Powszechnego Związku Studentów Czarnej Afryki (União Geral dos Estudantes da África Negra, UGEAN). W Berlinie zdobył doktorat z ekonomii na Uniwersytecie Humboldta.
Działalność narodowa thumb|left|Kolonie portugalskie w Afryce (kolor pomarańczowy) W latach 60. XX wieku zaangażował się w działalność ruchu narodowowyzwoleńczego, którego celem było uniezależnienie się Wysp Świętego Tomasza i Książęcej od Portugalii. W 1960 był jednym z założycieli Komitetu na rzecz Wyzwolenia Wysp Świętego Tomasza i Książęcej (Comitê pela Libertação de São Tomé e Príncipe, CLSTP), który jako pierwszy podjął się zorganizowanej walki z kolonizatorem.