Southampton Latem 2003 roku Le Saux wziął udział w transakcji pomiędzy Chelsea a Southamptonem. Został wymieniony przez londyński klub na Wayne'a Bridge'a. W Southampton zadebiutował 16 sierpnia w zremisowanym 2:2 meczu z Leicester City. Jednak z powodu wieku i przebytych wcześniej kontuzji grał już mniej. W sezonie 2003/2004 wystąpił w 19 spotkaniach Premiership, a z Southampton zajął 12. miejsce. Natomiast w kolejnym, 2004/2005 zagrał 25 razy i strzelił 1 bramkę, a po sezonie zdecydował się zakończyć piłkarską karierę. Liczył sobie wówczas niespełna 37 lat.
Kariera w liczbach Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1987/88 Chelsea F.C.
Second Division 0 0 1988/89 Chelsea F.C.
Second Division 1 0 1989/90 Chelsea F.C.
First Division 7 1 1990/91 Chelsea F.C.
First Division 28 4 1991/92 Chelsea F.C.
First Division 40 3 1992/93 Chelsea F.C.
Premier League 14 0 1992/93 Blackburn Rovers F.C.
Premier League 9 0 1993/94 Blackburn Rovers F.C.
Premier League 41 2 1994/95 Blackburn Rovers F.C.
Premier League 39 3 1995/96 Blackburn Rovers F.C.
Premier League 14 1 1996/97 Blackburn Rovers F.C.
Premier League 26 1 1997/98 Chelsea F.C.
Premier League 26 1 1998/99 Chelsea F.C.
Premier League 31 0 1999/00 Chelsea F.C.
Premier League 8 0