W czasie II wojny światowej służył w Wehrmachcie, nie pełniąc jednak służby frontowej. Prowadził badania nad zoopsychologią, między innymi w Stadninie Koni Janów Podlaski. W czasie II wojny światowej wielokrotnie ukrywał Żydów. Od 1 maja 1945 dyrektor ogrodu zoologicznego we Frankfurcie nad Menem, który odbudował ze zniszczeń wojennych. Zoo tym kierował do 1974. Jednocześnie prowadził szeroką działalność popularyzatorską i skierowaną na ochronę przyrody. Napisał kilkadziesiąt książek o tej tematyce, zrealizował kilka filmów i prowadził stały program telewizyjny. Jego książki miały wiele wydań także w przekładach. mały|197x197px|Grób Bernharda i Michaela Grzimków w Ngorongoro. Był zaangażowany w ochronę Parku Narodowego Serengeti, pełnił funkcje kuratora parków narodowych w Ugandzie i Tanzanii.
Bernhard Grzimek miał trzech synów, w tym jednego adoptowanego. Jego drugi syn Michael Grzimek, również zoolog, był najbliższym współpracownikiem ojca;