Miasto powstało w głębi lądu, na dość stromym, obronnym wzgórzu z dwoma wierzchołkami lekko przekraczającymi 100 m n.p.m. Połączenie z Morzem Adriatyckim zapewniała żeglowna rzeka Aous, na brzegu której, 1,5 km od miasta, założono duży port, skąd było 12 km do ujścia. Był to obszar zasiedlony przez iliryjskie plemię Taulantiów, którzy z aprobatą odnieśli się do greckiego osadnictwa, a część z nich osiedliła się w mieście. Osada w czasie swojego rozkwitu w IV – III w p.n.e. była chroniona murem długości 4 km, który otaczał teren 81 ha. Oprócz tego odrębny mur obronny otaczał akropol, inny mur wyznaczał w obrębie samego miasta teren temenosu Apolla, w którym wzniesiono świątynię dedykowaną temu bogu. Liczbę ówczesnych mieszkańców szacuje się na 50–60 tys. osóbPiekarz 2025, s. 71, 72.. W roku 314 p.n.e. Appolonia została podbita przez Macedonię, jednak już w 312 r. p.n.e. oswobodzoną ją i weszła w skład królestwa Taulantiów, jako autonomiczne polis. Od 229 r. p.n.e. było podporządkowane Rzymowi, który w 148 r. p.n.e. włączył ją w skład swojego imperium. W roku 234 n.e. doszło w okolicy do silnego trzęsienia ziemi, które spowodowało znaczne zniszczenia, a przede wszystkim niekorzystnie zmieniło bieg rzeki, co skutkowało zabagnieniem okolicznych pól i likwidacją portu i możliwości żeglugi. W efekcie miasto bardzo podupadło.