Pewne ożywienie nastąpiło w V w., gdy Apollonię włączono w obręb Cesarstwa Bizantyńskiego i ustanowiono tu biskupa, ale po przeniesieniu biskupstwa i po zniszczeniach dokonanych w następnym wieku przez Awarów wraz z plemionami Słowian, miasto zostało definitywnie porzucone u schyłku VI wPiekarz 2025, s. 72, 73.. W późniejszych wiekach okoliczni mieszkańcy sukcesywnie rozbierali pozostałości budowli Apollonii na budulec. W średniowieczu w obrębie dawnego polis wzniesiono klasztor wraz z kościołem pw. św. Marii, zachowany do dziśPiekarz 2025, s. 70, 73.. W XX w. teren wzgórza dwukrotnie fortyfikowano – po raz pierwszy zrobili to Niemcy w czasie okupacji Albanii, a później sami Albańczycy w latach 60. Doprowadziło to do poważnego zniszczenia obszaru zabytkowego Apollonii. Okazjonalne poszukiwania archeologiczne prowadzono tu w XIX w., ale szersze badania stanowiska archeologicznego zainicjował dopiero austriacki archeolog Camillo Praschniker w trakcie I wojny światowej i trwają one z przerwami do czasów współczesnych. Większość znalezisk przechowuje muzeum w stolicy kraju, ale część znajduje się na miejscu, w utworzonym w 1958 r. w miejscowym klasztorze św. Marii muzeum archeologicznym, aczkolwiek zbiory tego ostatniego zostały rozszabrowane przez ludność albańską w 1990 i stworzone od nowa w późniejszych latachPiekarz 2025, s.