Pod koniec XVIII i na początku XIX wieku pogorszył się stan techniczny kościoła. W 1817 roku władze wojewódzkie zwracały uwagę na pęknięcia i zawilgocenie sklepień grożących zawaleniem. Do 1819 roku, staraniem proboszcza Józefa Budnego oraz ostrołęckich mieszczan, sklepienie wzmocniono żelaznymi ankrami. W kolejnych latach wymieniano elementy więźby dachowej, naprawiano dach, sygnaturkę, tynki, okna i wyposażenie wnętrza.
Szczególnie poważne zniszczenia nastąpiły podczas bitwy pod Ostrołęką 26 maja 1831 roku. Wybuch granatu spowodował pożar, który zniszczył dach i całą jego konstrukcję. Kościół pozbawiony pokrycia ponownie zaczął ulegać zawilgoceniu. W 1832 roku proboszcz Wojciech Dłużniewski zwrócił się o środki na odbudowę; uzyskane fundusze umożliwiły wykonanie nowej więźby, obniżenie dachu i pokrycie go dachówką holenderką. W ściany kościoła wmurowano kule armatnie pochodzące z bitwy.
W drugiej połowie XIX wieku świątynia była wielokrotnie remontowana. W latach 1853–1859 wymieniono pokrycie dachowe, oszklono okna, odnowiono chór i kaplicę Różańcową. W 1863 roku na dachu ustawiono nową sygnaturkę wykonaną przez warszawskiego cieślę Ferdynanda Milę. W latach 70.